Основным направлением деятельности отделения является хирургическое лечение заболеваний печени, внепеченочных желчных протоков, желчного пузыря и поджелудочной железы, а так же выполнение сложных, комбинированных хирургических вмешательств при доброкачественных и злокачественных поражениях органов брюшной полости и забрюшинного пространства.
В лечении заболеваний внепеченочных желчных протоков, особенно при последствиях ятрогенных повреждений внепеченочных желчных протоков в виде стриктур, наружных и внутренних желчных свищей, используется собственный оригинальный комплекс новых органовосстанавливающих хирургических технологий, включая пластические методы протезирования общего печеночно-желчного протока (прямым билио-билиарным анастомозом, тонкокишечным аутотрансплантатом, червеобразным отростком). Технологии направлены на восстановление анатомической целостности билиарного тракта в наиболее физиологически оправданном варианте с организацией оттока желчи в двенадцатиперстную кишку, как это происходит у здорового человека.
В отделении оказывается высокотехнологичная медицинская помощь по профилям «Абдоминальная хирургия» и «Онкология».
С 2011 года в отделении выполняются операции по трансплантации печени, в том числе и от живого родственного донора.